IDENTIFIKASI BAKTERI TERMOFILIK ASIDOFIL DARI ISOLAT KAWAH SIKIDANG DIENG JAWA TENGAH

Abstract

Bakteri termofilik asidofil merupakan mikroorganisme yang dapat tumbuh pada temperatur tinggi dan pH rendah. Bakteri ini memiliki sebaran yang luas. Akan tetapi bakteri yang sudah teridentifikasi jumlahnya masih terbatas. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi terhadap bakteri termofilik asidofil isolat dari Kawah Sikidang, Dieng, Jawa Tengah. Analisis dilakukan secara mikrobiologi (uji morfologi dan enzim ekstraseluler) dan genetika molekul. Sampel bakteri diisolasi dan dikulturkan dalam medium A dan medium B. Molekul DNA kromosom sampel bakteri diekstraksi dan dimurnikan selanjutnya diamplifikasi dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Varian amplikon fragmen gen 16S rRNA dipisahkan dengan SSCP (Single-Strand Conformation Polymorphism), kemudian ditentukan urutan nukleotidanya dengan sekuensing. Pada tahap akhir, dilakukan komparasi dengan data base GenBank. Sampel bakteri merupakan Gram-negatif berbentuk kokus yang dapat tumbuh optimum pada temperatur 65 °C (AD3) dan 70 °C (BD3). Kedua sampel tersebut dapat menghasilkan enzim protease ekstraseluler. Pada analisis PCR, fragmen gen 16S rRNA dapat teramplifikasi sebesar 353 pasang basa (pb). Pola spesifik SSCP sampel AD3 menunjukkan adanya dua spesies bakteri, sedangkan sampel BD3 mempunyai pola smear. Analisis data sekuensing spesies spesifik sampel AD3 menunjukkan adanya homologi sebesar 98 % dengan Pseudomonas fluorecens strain Pf1 dan perbedaan urutan sebesar 2 % disebabkan oleh adanya substitusi di lima tempat yaitu pada posisi basa 1071, 1074, 1076, 1357, 1358 dan insersi pada 1125.