ISOLASI DAN IDENTIFIKASI FRAGMEN GEN 16S rRNA BAKTERI TERMOFILIK ANAEROB SUMBER AIR PANAS GEDONG SONGO KAWAH 1 (GS 1) AMBARAWA

Abstract

Penelitian mengenai bakteri termofilik anaerob di Jawa Tengah masih terbatas pada isolasi enzim tanpa identifikasi jenis bakteri. Identifikasi bakteri termofilik anaerob penghasil enzim termostabil dilakukan untuk mengetahui jenis bakteri, kekerabatan antarbakteri dan keberadaan bakteri baru. Identifikasi juga bermanfaat untuk mengetahui enzim termostabil yang dihasilkan agar dapat digunakan untuk berbagai keperluan. Bakteri termofilik anaerob Gedong Songo kawah 2 (GS 2) Ambarawa telah diisolasi dan diidentifikasi yang memiliki kemiripan dengan Pseudomonas synxantha. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat bakteri termofilik anaerob dari sumber air panas Gedong Songo kawah 1 (GS 1) Ambarawa dan mengidentifikasi jenis bakteri berdasarkan uji mikrobiologi, analisis gen 16S rRNA dan uji secara kualitatif potensi enzim ekstraseluler. Isolasi bakteri termofilik anaerob dari sumber air panas GS 1 dilakukan dengan variasi media SP (Sucrose Peptone), LMM (Lactose Minimal Media) dan LMMY (Lactose Minimal Media Yeast) dengan variasi temperatur dan waktu pertumbuhan. Identifikasi bakteri termofilik anaerob dilakukan dengan uji fenotipik, genotipik, dan identifikasi enzim ekstraseluler. Uji fenotipik yaitu pengujian secara mikrobiologi, meliputi pewarnaan gram dan morfologi. Uji genotipik yaitu analisis gen 16S rRNA dengan metode PCR dan sekuensing. DNA kromosom bakteri sampel diisolasi dan diamplifikasi secara in vitro dengan metode PCR. Penentuan urutan nukleotida fragmen 16S rRNA dilakukan dengan metode sekuensing. Kemudian hasilnya dibandingkan dengan database GenBank untuk mengetahui jenis bakteri sampel. Identifikasi enzim ektraseluler menggunakan media SP dengan penambahan gelatin (uji protease), pati (uji amilase), dan laktosa (uji ?-galaktosidase). Hasil penelitian menunjukkan bahwa bakteri sampel memiliki temperatur optimal pertumbuhan 65°C dan waktu optimal pertumbuhan selama 4 hari. Uji mikrobiologi menunjukkan bahwa bakteri sampel termasuk bakteri gram negatif dan berbentuk batang (bacillus). Bakteri sampel memiliki kemiripan genotipik dengan Pseudomonas synxantha sebesar 99 %, serta memiliki persamaan sifat fenotifik kecuali pada bentuk morfologinya. Bakteri sampel memiliki kemiripan fenotifik secara keseluruhan dengan Pseudomonas aeruginosa dengan kemiripan genotipik sebesar 91%. Berdasarkan hasil analisis program Primer Select-DNASTAR, tidak terjadi penempelan primer PCR BacF1 dan UniB1 pada gen 16S rRNA Pseudomonas synxantha maupun Pseudomonas aeruginosa. Maka bakteri sampel yang diperoleh berpotensi sebagai bakteri termofilik anaerob jenis baru (novel) dan temasuk dalam satu genus dengan bakteri yang didapat dari GS 2. Enzim ekstraseluler yang dihasilkan yaitu enzim amilase, protease, dan ?- galaktosidase.