IDENTIFIKASI FRAGMEN GEN 16S rRNA BAKTERI TERMOFILIK HASIL ISOLASI DARI SUMBER AIR PANAS GEDONG SONGO

Abstract

Penelitian mengenai bakteri termofilik dari sumber air panas Gedong Songo yang selama ini dilakukan hanya mengisolasi dan mengkarakterisasi enzim yang dihasilkan tanpa melakukan identifikasi jenis bakterinya Pada penelitian ini, gabungan analisis mikroskopis, amplifikasi-PCR dan sekuensing dideoksi-Sanger fragmen gen 16S rRNA telah berhasil digunakan untuk mengidentifikasi jenis bakteri termofilik. Pertama dilakukan variasi temperatur pertumbuhan bakteri sehingga diperoleh temperatur maksimum kehidupan bakteri pada 75 oC dan temperatur optimum pertumbuhan bakteri pada 65 oC. Uji mikroskopis menunjukkan bahwa bakteri termasuk golongan bakteri basil (batang) dan gram negatif. Ekstraksi DNA kromosom bakteri dilakukan dengan metode Klijn termodifikasi dan fragmen gen 16S rRNA dengan ukuran 351 pasang basa diamplifikasi dengan metode PCR. Analisis genotipik dilakukan dengan membandingkan urutan nukleotida fragmen gen 16S rRNA sampel hasil sekuensing dengan database GenBank menggunakan metode BLAST. Berdasarkan hasil analisis genotipik dan fenotipik menunjukkan adanya kemiripan antara sampel bakteri dengan Geobacillus thermoleovorans, dengan homologi 98 % dan terdapat satu delesi Adenin pada posisi 1127, tiga mutasi pada posisi 1376 (G􀃆T), 1378 (A􀃆C) dan 1388 (T􀃆C). Identifikasi enzim ekstraseluler pada media selektif menunjukkan bakteri menghasilkan protease, amilase dan β-galaktosidase.