Identifikasi fragmen gen 16S eRNA pada bakteri termofilik hasil isolasi dari sumber air panas Baturraden

Abstract

Sampai saat ini penelitian tentang bakteri terrnofilik, khususnya di Jawa Tengah, masih terbatas pada isolasi enzim tanpa mengetahui jenis bakteri termofilik penghasil enzim tersebut. Identifikasi jenis bakteri penghasil enzim tennostabil perlu dilakukan agar dapat dimanfaatkan secara optimal untuk berbagai keperluan, seperti keperluan industri, medis, dan penelitian lebih lanjut. Pada penelitian ini dilakukan isolasi dan identifikasi bakteri tennofilik dari sumber air panas Baturaden. Identifikasi bakteri dilakukan dengan uji morfologi, yaitu pewarnaan gram dan uji mikroskopis, identifikasi gen 16S rRNA dan identifikasi enzim ekstraseluler. Sampel yang diperoleh dari sumber air panas Pancuran Pitu, Batu Raden dikultivasi pada media 1/2 LB (Luria-Bertani). Selanjutnya DNA kromosom bakteri diisolasi dan diamplifikasi secara in vitro dengan metode PCR, menghasilkan amplikon sebesar 351 pb. Setelah itu urutan nukleotida fragmen 16S rRNA ditentukan dengan metode sekuensing dan dibandingkan dengan database GenBank untuk mengetahui jenis bakteri sampel. Hasil perbandingan nukleotida sampel dengan database GenBank menggunakan metode BLAST menunjukkan bahwa sampel bakteri memiliki kemiripan genotipik sebesar 99 % dengan bakteri Bacillus thermoleovorans dan ddanya satu delesi pada posisi basa 1098. Bakteri sampel juga memiliki kemiripan fenotipik, yaitu suhu optimum pertumbuhan pada 65 °C, bentuk batang, dan sifat aerob. Identifikasi enzim ekstraseluler menunjukkan bahwa bakteri sampel dapat menghasilkan enzim protease, amilase, dan [3-galaktosidase. Nowadays, the researches on thermophilic bacteria, especially in Central Java was limited in enzyme isolation without species identification. The identification of bacteria species was needed for optimally purposes like appplication in industry, medicine, and for other researches. In this research, isolation and identification of thermophilic bacteria from Baturaden hot spring has been done. Bacteria were identified with morphology test, i.e., gram test and microscopic test, 16S rRNA gene identification and exiracellular enzyme identification. Sample gained from Pancuran Pitu Hot Spring, Baturaden had been cultivated in 1/2 LB (Luria-Bertani) medium. Then the bacteria's chromosomal DNA was isolated and DNA were amplified with PCR method, resulting 352 by amplicon. Nucleotide sequences from 16S rRNA fragment were determined with sequencing and compared with those in database from GenBank to identify bacteria's species. The result of sample nucleotide comparation with database from GenBank using BLAST method showed that sample bacteria had 99 % genotype homology with Bacillus thermoleovorans and one deletion on 1098 base position. Sample bacteria also had fenotype homology, i.e., optimum growth temperature of 65 °C, rod shape, and aerobic properties. Extracellular enzyme identification showed that sample could produce protease, amylase, and 13- Galactosidase. Sampai saat ini penelitian tentang bakteri terrnofilik, khususnya di Jawa Tengah, masih terbatas pada isolasi enzim tanpa mengetahui jenis bakteri termofilik penghasil enzim tersebut. Identifikasi jenis bakteri penghasil enzim tennostabil perlu dilakukan agar dapat dimanfaatkan secara optimal untuk berbagai keperluan, seperti keperluan industri, medis, dan penelitian lebih lanjut. Pada penelitian ini dilakukan isolasi dan identifikasi bakteri tennofilik dari sumber air panas Baturaden. Identifikasi bakteri dilakukan dengan uji morfologi, yaitu pewarnaan gram dan uji mikroskopis, identifikasi gen 16S rRNA dan identifikasi enzim ekstraseluler. Sampel yang diperoleh dari sumber air panas Pancuran Pitu, Batu Raden dikultivasi pada media 1/2 LB (Luria-Bertani). Selanjutnya DNA kromosom bakteri diisolasi dan diamplifikasi secara in vitro dengan metode PCR, menghasilkan amplikon sebesar 351 pb. Setelah itu urutan nukleotida fragmen 16S rRNA ditentukan dengan metode sekuensing dan dibandingkan dengan database GenBank untuk mengetahui jenis bakteri sampel. Hasil perbandingan nukleotida sampel dengan database GenBank menggunakan metode BLAST menunjukkan bahwa sampel bakteri memiliki kemiripan genotipik sebesar 99 % dengan bakteri Bacillus thermoleovorans dan ddanya satu delesi pada posisi basa 1098. Bakteri sampel juga memiliki kemiripan fenotipik, yaitu suhu optimum pertumbuhan pada 65 °C, bentuk batang, dan sifat aerob. Identifikasi enzim ekstraseluler menunjukkan bahwa bakteri sampel dapat menghasilkan enzim protease, amilase, dan [3-galaktosidase.