Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok NTB, Karangasem Bali, dan Serang Banten Menggunakan Penanda Molekuler Fragmen Gen cytochrome c oxidase sub unit I (COI)

Abstract

Pengetahuan mengenai keragaman genetik H. asinina penting digunakan dalam pengembangan budidaya abalon. Keragaman genetik dapat diketahui dengan menganalisis polimorfisme DNA mitokondria. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik tiga populasi H. asinina di Indonesia (Selat Lombok NTB, Karangasem Bali, dan Serang Banten) dengan penanda fragmen gen COI DNA mitokondria. Ekstraksi DNA dilakukan dengan Chelex 100. Fragmen gen COI diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer spesifik FPHDivB-BPHDivB. Sekuensing DNA menggunakan Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit. Sekuen nukleotida fragmen gen COI disejajarkan menggunakan program ClustalW. Keragaman haplotipe dan keragaman nukleotida dihitung dengan program DNAsp 4.1. Jarak genetik ditentukan dengan model Kimura 2-parameter dan penyusunan pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor‐Joining dalam program MEGA 3.1. Hasil penelitian memperoleh sekuen nukleotida fragmen gen COI H. asinina sepanjang 556 pb. Sebelas haplotipe ditemukan pada 15 individu, dengan keragaman haplotipe sebesar 0,952 dan keragaman nukleotida sebesar 0.086. Populasi Selat Lombok NTB memiliki keragaman nukleotida tertinggi (π = 0,0129) dibandingkan dengan populasi lainnya (Serang, π = 0,0037; Bali, π = 0,0125). Hasil tersebut menunjukkan bahwa H. asinina populasi Selat Lombok NTB memiiki keragaman genetik tertinggi dari semua populasi. Jarak genetik terendah diketahui pada populasi Serang Banten dan Karangsem Bali (0,01) dan terjauh adalah populasi Selat Lombok NTB (0,91). Pohon filogenetik membentuk 2 cluster. Satu cluster terdiri dari individu yang berasal dari Serang Banten dan Karangasem Bali. Cluster kedua terdiri dari semua individu pada populasi Selat Lombok NTB. Pohon filogenetik menunjukkan bahwa populasi Serang Banten dan Karangasem Bali memiliki hubungan kekerabatan yang dekat, sedangkan populasi Selat Lombok NTB memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan dua populasi lainnya.