Sintesis cDNA dan Deteksi Fragmen Gen EF1-a1 pada Bunga Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.).

Abstract

Elaeis guineensis Jacq. atau kelapa sawit merupakan salah satu sumber pangan dan gizi penduduk Indonesia. Saat ini kelapa sawit telah menjadi komoditas andalan dalam negeri. Berbagai upaya telah dilakukan untuk memenuhi kebutuhan kelapa sawit, salah satunya adalah teknik kultur jaringan. Beberapa kasus dalam teknik kultur jaringan menimbulkan abnormalitas pada bunga kelapa sawit yang dipengaruhi oleh gen pengatur pembungaan. Salah satu gen pengatur pembungaan yaitu gen elongation factor1-alpha1 (EF1-a1) yang memulai tahap awal pembentukan organ bunga. Fragmen gen elongation factor1-alpha1 (EF1-a1) dapat dideteksi dengan amplifikasi DNA komplementer (cDNA) menggunakan teknik PCR transkrip balik (RT-PCR). Tujuan penelitian ini adalah untuk mensintesis cDNA dari RNA total bunga kelapa sawit dan mendeteksi fragmen gen EF1-a1 dengan amplifikasi cDNA menggunakan RT-PCR. Sintesis cDNA dilakukan dengan menggunakan kit Super ScriptTM First Strand cDNA Synthesis. Analisis kualitatif dan kuantitatif cDNA hasil sintesis dilakukan menggunakan spektrofotometer dengan absorbansi pada panjang gelombang 230 nm, 260 nm dan 280 nm. Deteksi fragmen gen EF1-a1 dilakukan dengan amplifikasi cDNA menggunakan PCR. Visualisasi hasil amplifikasi fragmen gen dilakukan menggunakan elektroforesis gel 2%. Analisis kualitatif dan kuantitatif cDNA menunjukkan bahwa cDNA memiliki konsentrasi berkisar antara 468 – 1644 µg/mL dengan kemurnian terhadap protein berkisar antara 1,440 – 2,197 dan kemurnian terhadap polisakarida berkisar antara 1,293 – 2,376. Hasil amplifikasi cDNA dengan primer EF1 ditunjukkan oleh visualisasi pita DNA berukuran sekitar 259 bp. Hasil amplifikasi telah mendeteksi fragmen gen EF1-a1 dari cDNA yang berukuran sesuai dengan gen target yang diharapkan saat perancangan primer.