ANALISIS KOMUNITAS DAN FILOGENI BAKTERI BAKTERI TERMOFILIK SUMBER AIR PANAS DI WILAYAH JAWA TENGAH

Abstract

Penelitian Tahun II diusulkan dengan tujuan umum melanjutkan penelitian tahun I, yaitu memfragmentasi DNA basil amplifikasi menggunakan metode DOGE. Jumlah fragmen terbentuk pada gel DGGE mewakili jumlah komunitas bakteri pada masing-masing sumber air panas. Jenis spesies bakteri ditentukan. oleh basil analisis urutan nukleotida dari tiap fragmen. Tujuan khususnya mendapatkan informasi jumlah dan jenis bakteri termofilik dari sumber-sumber air panas Jawa Tengah sena mendapatIcan pohon filogeni masing-masing bakteri. Penelitian ini dilatar belakangi oleh kebutuhan dunia akan enzim¬enzim altematif yang mampu bekerja pada kondisi ekstrim, salah satunya adalah enzim termostabil yang mampu bekerja pada temperatur tinggi. Biokatalis jenis ini mampu memberi sumbangan besar baik untuk pengembangan ilmu dasar maupun bidang industri. Salah satu sumber potensial enzim termostabil adalah bakteri termolilik yamg berasal dari sumber air panas. Indonesia merupakan negara tropis yang kaya akan sumber air panas, namun eksplorasi terhadap bateri termofilik masih sangat terbatas. Keterbatasan ini pada umumnya disebabkan oleh kesulitan untuk mengkultivasi bakteri¬bakteri dari lingkungan ekstrim di laboratorium. Dalam penelitian yang diusulkan ini hendak dilakukan analisis komunitas bakteri-bakteri termofilik dari sumber-sumber air panas di sekitas di Jawa Tengah. Informasi mengenai spesies-spesies bakteri yang menghuni suatu sumber merupakan informasi penting bagi ilmu biodiversitas dan lebih lanjut akan lebih memudahkan proses isolasi bakteri karena menggunakan media yang sesuai bagi spesies yang dituju. Penentuan pola komunitas bakteri dilakukan berdasarkan profil denaturasi gradien gel dan kontruksi pohon filogeni didasarkan atas urutan nukleotida gen 16S rRNA dari sampel bakteri. Sampel bakteri termofilik diekstraksi total DNA kromosomnya dan dipakai sebagai templat untuk amplifikasi gen 16S rRNA dengan metode PCR. Hasil amplifikasi lengkap akan diklon dan dianalisis dengan metode Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Fragmen yang diperoleh pada pita gel basil pemisahan dengan DGGE akan di Re-PCR dan ditentukan urutan DNA-nya dengan mesin sequenser. Hasil sekuensing selanjutnya dianalisis dengan cara dibandingkan dengan database Gen13ank. Hasil yang diharapkan adalah diperolehnya informasi mengenai jumlah dan jenis komunitas bakteri termofilik isolat lokal. Informasi urutan gen 16S rRNA dari masing masing sampel akan dianalisis lebih lanjut terhadap data GenBank untuk penentuan spesies serta program DNA-Star untuk dibuat pohon filogeninya. Hasil tersebut diharapkan mampu memberikan sumbangan informasi yang cukup luas dalam bidang biodiversitas mikroba Indonesia serta membuka peluang bagi eksplorasi enzim-enzim termostabil berikutnya. Selain itu kegiatan penelitian kolaboratif TPP—TPM diharapkan dapat menghasilkan peningkatan kemampuan penelitian, khususnya di Laboratorium TPP. Masi' akhir yang juga diharapkan ialah meningkatnya percepatan riset nasional yang tinggi untuk memacu kegiatan penelitian ilmu-ilmu dasar dan lebih lanjut kepada arah produksi enzim berskala industri.