KARAKTERISASI KERAGAMAN BAKTERI TERMOFILIK SUMBER AIR PANAS GEDONGSONGO MELALUI PENENTUAN SSCP DART GEN-GEN PENGKODE 165 rRNA

Abstract

Identification of the bacterial communities from one of hot stream at Gedongsongo (GS1), Ungaran, Central Java; was carried out using molecular analysis based on the 1.65 rRNA gene. Two minimal media, GYa and OTa were used for growth of anaerobic microbial communities. Cultures media were combined by filtration through 0.2-um-pore-size filter for total genomic DNA extraction. PCR amplifications of partial 16S rRNA gene sequences were performed with chromosomal DNA extracted from cells of filtration and cultures using Com I F and Com2R primers targeting the V4—V5 region of eubacterial 16S rRNA genes. These primers amplified about 400-bp section of the 16S rRNA genes. The Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) was used to analyze the community based on difference in fragment DNA sequence. The SSCP profiles showed that there are a lot of bands but only three of them are distinct bands that represent the bacteria from filtration. Another two bands from GTa and two bands from GYa represent the bacteria that can growth well in these mediums. Studi keragaman bakteri pada salah satu sumber air panas di lapangan vulkanik Gedongsongo (GS1), Ungaran, Jawa Tengah; telah dilakukan menggunakan metode yang didasarkan atas analisis urutan gen 16S rRNA. Analisis keragaman dilakukan dengan mengisolasi bakteri termofilik melalui dua pendekatan yaitu filtrasi menggunakan membran filter dengan pori-pori 0.2-pm dan kultivasi menggunakan dua macam minimal media yaitu GYa dan GTa yang ditumbuhkan secara anaerob. Seluruh isolat bakteri, diekstraksi DNA kromosomnya dan digunakan sebagai templat untuk prows amplifikasi fragmen gen 16S rRNA dengan teknik PCR. Sasaran dari penggunaan pasangan primer Corn IF dan Com2R adalah daerah variabel tinggi V4 dan V5 dari gen 16S rRNA untuk kelompok eubakteria. Pasangan primer ini telah berhasil mengamplifikasi fragmen DNA sepanjang 400 pb. Analisis komunitas dilakukan menggunakan teknik SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) atas dasar pemisahan fragmen DNA dengan urutan nukleotida berbeda. Profil SSCP yang diperoleh menunjukkan adanya dua pita tajam dari kultur GYa dan GTa yang sejajar satu sama lain mewakili masing-masing dua strain yang tumbuh baik pada masing-masing kultur. Sedangkan pita dalam jumlah cukup banyak tampak pada profit SSCP isolat basil filtrasi (GS-F), namun hanya tiga pita yang tampak cukup Milan dan mewakili strain dominan pada habitat ini.