KEANEKARAGAMAN GENETIK BAKTERI YANG BERASOSIASI DENGAN KARANG PENGHASIL SENYAWA ANTIBAKTERI DALAM UPAYA PENGENDALIAN BLACK BAND DISEASE PADA EKOSISTEM TERUMBU KARANG

Abstract

Coral massive were attacked by Black bands disease (BBD) that caused by Cyanobacteriume specially Phormidium corallyticum, have destroyed reef building coral ecology. This disease spread faster than that of coral growth rate. The search for new compounds of antibacterla is urgently needed for controlling of BBD. The aims of this study were to find the potential bacteria that produce antibacteria againts BBD pathogen and to identify the bacteria associated with BBD. Documentation was done by using underwater camera Canon SOS and scuba diving. Then, bacteria were isolated from healthy and infected coral. Purification was conducted after 24-hour-incubation with streak method Selection was conducted by screening of the bacteria which could inhibit the growth rate of bacterial pathogen BBD. Furthermore, bacterial selected were Identified molecularly by extracting DNA, purification, DNA amplification, sequensing and homology test using FASTA searching. The result of this study showed that bacteria associated with corals, KM2 isolate, was succeeded to be sreened for its potential for producing antibacterial compounds againts indigenous bacteria associated with BBD. Based on molecular analysis of 16S rDNA, this strain closely related with Bacillus hwajinpoensis. The KM2 strain have ability to inhibit BBD pathogenic bacteria. The results of bacterial BBD association showed that BBD1 strain have closely related to Myroides odoratimus, Bacillus sp KM 3737 for BBD2 strain and Alcaligenes faecalis for BBD3 strain. Marine Science Department, Faculty of Fishery and Marine Science, Diponegoro University. Nomor: 68/P2IPT/DPPM/P1D/111/ 2004 tanggal 1 (satu) bulan Maret tahun 2004 Black bands disease (BBD) yang menyerang karang massive yang disebabkan oleh bakteri golongan Cyanobacterium khususnya Phormidium corallyticum mengakibatkan kehancuran sistem ekologi terumbu karang. Penyebaran penyakit ini berjalan sangat cepat dibandingkan dengan laju pertumbuhan karang. Sehingga upaya penanganan penyakit BBD dengan pencarian sumber baru senyawa antibakteri merupakan alternatif dalam pengendalian penyakit tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan jenis bakteri karang yang mampu menghasilkan senyawa antibakteri yang aktif terhadap bakteri pathogen BBD yang nantinya akan digunakan sebagai materi dasar untuk aplikasi bioteknologi dalam penelitian selanjutnya. Disamping itu juga untuk mengetahui jenis bakteri yang berasosiasi dengan jaringan karang yang terinfeksi BBD. Sampling jaringan karang dilakukan di P. Kemujan, peralran Karimunjawa. Dokumentasi karang dan jaringan karang yang terinfeksi dilakukan dengan underwater camera Canon SOS dan penyelaman scuba. Setelah itu dilakukan isolasi bakteri yang berasosiasi dengan karang sehat dan karang yang terinfeksi BBD. Purifikasi dilakukan setelah inkubasi selama 24 jam dengan metode goresan Skrining dilakukan dengan menyeleksi koloni bakteri yang menghasilkan zona hambatan terhadap strain uji. Selanjutnya hasil seleksi diidentifikasi secara molekuler dengan mengekstraksi DNA, prifikasi, amplifikasi DNA-PCR, sekuensing dan analisis homologi dengan FASTA pada GeneBank. Flash penelitian menunjukkan bahwa bakteri yang berasosiasi dengan karang, isolate KM2, juga berhasil diskrining untuk potensi penghasil senyawa antibakteri terhadap bakteri indigenous yang berasosiasi dengan BBD. Berdasarkan analisis molekuler 16S rDNA memiliki kekerabatan dekat dengan Bacillus hwajinpoensis. Strain KM2 memiliki kemampuan menghambat pertumbuhan bakteri pathogen BBD. Hasil identifikasi bakteri yang berasosiasi dengan BBD menunjukkan adanya kekerabatan yang dekat dengan Myroides odoratimus untuk strain BBD1, Bacillus sp KM 3737 untuk strain BBD2 dan Alcaligenes faecalis untuk strain BBD3. Jurusan Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro. Nomor:68/P2IPT/DPPM/PID/III/2004 tanggal 1 (satu) bulan Maret tahun 2004