IDENTIFIKASI PENANDA GENETIK DAERAH D-LOOP PADA SAPI ACEH [Genetics Marker Identification of Aceh Cattle Using D-Loop Region Analysis]

Abstract

Penelitian yang bertujuan untuk mengkarakterisasi keragaman daerah D-loop mtDNA yang berguna sebagai database dalam pelaksanaan program konservasi sapi Aceh telah dilakukan. Pengumpulan sampel darah (8 sampel untuk analisis D-loop) dilakukan di empat lokasi yaitu Kota Banda Aceh, Kabupaten Aceh Besar, Pidie dan Aceh Utara. Sampel pembanding telah diambil 2 sampel masing-masing sapi Bali (Pulau Bali), Madura (Pulau Madura), Pesisir (Sumatera Barat) dan satu sampel sapi PO (Jawa Barat). Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi sekuen daerah D-loop mtDNA adalah BIDLF dan BIDLR dengan panjang produk 980 bp dan panjang sekuen yang dapat dianalisis 479 bp. Data sekuen D-loop disejajarkan berganda dengan sekuen acuan Bos indicus dari GenBank menggunakan program Squint 1.02 dan dianalisis dengan program MEGA4. Hasil analisis D-loop mtDNA dengan sekuen acuan Bos indicus, ada 27 situs beragam pada sapi Aceh. Penanda ini dapat digunakan untuk membedakan dan pengelompokan sapi lokal Indonesia di mana sapi Aceh satu klaster dengan sapi Pesisir dan PO, mempunyai jarak genetik yang lebih dekat dengan sapi Bos indicus, sedangkan sapi Bali dan Madura membentuk klaster sendiri. Kata kunci: Sapi Aceh, DNA, Mitokondria, D-Loop